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Author Topic: puma flip flops  (Read 286 times)
Cora McCarthy
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puma flip flops
« on: January 21, 2020, 03:21:03 am »

Der Puma-Datensatz enthielt 33 variable Stellen (32 Übergänge puma flip flops und eine Transversion), von denen 25 phylogenetisch informativ waren (Tabelle 1). Insgesamt gab es 28 Haplotypen, von denen 22 in Südamerika auftraten (H01  H22), von denen einer (H09) mit Mittelamerika geteilt wurde (Abbildung 2A). Es wurden mäßige bis hohe Haplotyp-Diversitätsniveaus beobachtet, während die Nucleotid-Diversität eher gering war (Tabelle 2).

Aufgrund dieser Verringerung der Anzahl von Standorten wurde das Netzwerk weniger aufgelöst, aber die Ergebnisse deuteten immer noch darauf hin, dass die externe Gruppe enger mit südamerikanischen und südlichen mittelamerikanischen Pumas verbunden war als mit nordmittel- und nordamerikanischen Haplotypen Struktur detaillierter beschrieben haben wir mehrere AMOVA-Runden mit unterschiedlichen geografischen Clustering-Strategien durchgeführt. In der ersten Phase, in der nur südamerikanische Pumas analysiert wurden, waren die ¦st-Werte recht hoch und statistisch signifikant, wobei Strategie 1c den höchsten Gesamt-¦st ergab puma sneaker damen (Tabelle 3).

Die mit Beast durchgeführten Bayes'schen Analysen haben weiter geholfen, Licht in die historischen Demografie-Pumas zu bringen, wie sie durch die mtDNA aufgedeckt wurden. In der ersten Analyserunde haben wir unter Verwendung von fünf Personen mit den unterschiedlichsten Haplotypen und zwei Jaguarundis die Substitutionsrate des puma football analysierten ND5-Segments auf 2,054% pro Million Jahre (MY) geschätzt. Unter Verwendung dieser Substitutionsrate in der zweiten Reihe von Analysen ermittelten wir einen mittleren t MRCA von 0,237 MYA (95% HPD: 0,105 0,391 MYA). Für südamerikanische Puma wurde der mittlere t MRCA auf 0,211 (0,091 0,353) MYA geschätzt.

Bayesian Skyline-Diagramme, die aus einem Alignment von puma ND5-Sequenzen abgeleitet wurden. In (A) wurde die Analyse für alle Puma-Proben und in (B) nur für südamerikanische Puma durchgeführt. Die dicke durchgezogene Linie stellt den Mittelwert dar, während die 95% -HPD-Grenzen (höchste hintere Dichte) durch die sicherheitsschuhe puma blauen Bereiche angezeigt werden. Die vertikalen gestrichelten Linien beziehen sich auf die t MRCA, wobei die dünne Linie die untere 95% -HPD-Grenze angibt und die dicke Linie den Mittelwert darstellt. Die x-Achse ist auf einer Jahrmillionenskala (Myr) dargestellt. Die y-Achse repräsentiert die effektive Populationsgröße (N e) multipliziert mit der Generationszeit (auch in myr). Unter der Annahme einer Generierungszeit von 5 Jahren sollten die Zahlen auf dieser Achse mit 200.000 multipliziert werden, um interpretierbare Werte zu erhalten.

Der in dieser Studie analysierte mtDNA-Datensatz ermöglichte ein tieferes Verständnis der matrilinearen Vorgeschichte von Pumas, das Verfeinern, Erweitern und in einigen Fällen Anpassen der zuvor von Culver et al. (2000). Unsere erste Beobachtung war, dass ND5 in der Tat ein sehr informatives codierendes mtDNA-Segment für phylogeographische Studien von Feliden ist und dass das hier verwendete längere Segment (im Vergleich zu dem von Culver et al., 2000) nützliche zusätzliche Informationen zu dieser Art liefert. Vielfalt und Evolutionsgeschichte.

Beispielsweise enthielt der hier verwendete ND5-Datensatz 33 variable Stellen und ermöglichte die Identifizierung von 28 verschiedenen Puma-Haplotypen, während der puma thunder spectra vollständige Datensatz von Culver et al. (2000), einschließlich der ND5-, ATP8- und 16S-Segmente, enthielten 15 variable Stellen und definierten 14 verschiedene Haplotypen. Pumas wiesen ein mäßig hohes Maß an Diversität auf, das direkt mit nur zwei anderen feliden Arten verglichen werden konnte, die bisher für dieselbe Art sequenziert wurden mtDNA-Segment und dessen Sequenzen zur Bewertung zur Verfügung (Trigo et al., 2008). Diese beiden neotropischen Katzen, Leopardus tigrinus und L. geoffroyi, wurden für ein etwas kürzeres Fragment sequenziert. Daher haben wir unsere Ausrichtung so angepasst, dass nur die passenden 567 bp enthalten sind, und ermöglichen so einen genauen Vergleich (Tabelle S3).
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